UIN Alauddin Makassar menyediakan kuota mahasiswa baru tahun akademik 2020-2021 sebanyak 5498 orang. Jumlah ini  merupakan gabungan kuota dari lima jalur masuk di UIN Alauddin.

Lima jalur masuk tersebut yakni Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN), Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri  (SBMPN), Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN), Ujian Masuk Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (UM-PTKIN) dan Ujian Masuk Mandiri (UMM).

Pada jalur SNMPTN dan SBMPTN, UIN Alauddin hanya menyediakan 16 jurusan pilihan. Untuk jalur SPAN-PTKIN dan UM-PTKIN menyediakan 37 jurusan pilihan. Sementara pada jalur UMM semua jurusan di UIN Alauddin dapat dipilih.

Berdasarkan data yang diperoleh dari bagian akademik UIN Alauddin Makassar, untuk kuota setiap jalur masuk di UIN Alauddin berbeda beda. Pada jalur SNMPTN memiliki kuota sebanyak 319 orang, SBMPTN 639 orang, SPAN PTKIN 780 orang, UM-PTKIN 1560 orang, dan UMM memiliki kuota 1649 orang.

Kepala bagian akademik UIN Alauddin Makassar Harianto mengatakan, tahun ini UIN Alauddin tidak lagi membuka jalur ujian Masuk Khusus (UMK) seperti pada penerimaan tahun akademik 2019 lalu. Lantaran lima jalur masuk yang ada saat ini dianggap cukup untuk memenuhi jumlah kuota mahasiswa baru UIN Alauddin Makassar.