Rektor, Pembantu Rektor, dan Kepala Biro UIN :

Keterangan :

  Rektor    : Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing HT.,M.S
  Pembantu Rektor I ( Bid. Akademik )   : Prof. Dr. H. Ahmad M. Sewang, M.A
  Pembantu Rektor II ( Bid. Adum. Keu )   : Prof. Dr. Musafir Pababbari, M.Si
  Pembantu Rektor III ( Bid. Kemahasiswaan )   : Drs HM Natsir Siola
  Pembantu Rektor IV ( Bid. Kerjasama )   : Prof. Dr. Phil. H. Kamaruddin Amin, M.A.
  Kepala Biro AU    : Drs. H. Wahyuddin Naro, M.Hum
  Kepala Biro AAK   : Dra. Hj. Nuraeni Gani, M.M

Pejabat Rektor, Pembantu Rektor, dan Kepala Biro setelah tahun pertama perubahan kelembagaan dari IAIN ke UIN Alauddin (mulai tanggal 10 Oktober 2005), terdiri dari :

 Rektor    : Prof Dr H Azhar Arsyad,MA
  Pembantu Rektor I   : Prof. Dr. H. Samiang Katu, M.Ag
  Pembantu Rektor II   : Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing H.T.,M.S
  Pembantu Rektor III   : Prof. Dr. H. Bahaking Rama, M.S
  Kepala Biro AAK   : Drs. H. M. Yusuf Rahim, M.Pd
  Kepala Biro AU    : Drs. H.M. Ansar Ilyas

Pejabat Rektor / Rektor dari Fase 1965 s.d sekarang

Sejak berdirinya, IAIN “Alauddin” Makassar sampai berubah status menjadi UIN Alauddin (1965 s.d sekarang) telah dipimpin oleh kuasa Rektor dan Rektor sebagai berikut:
1.Haji Aroeppala, selaku Kuasa/Pejabat Rektor pertama dari tahun 1965 sampai 1968.
2.Drs. H. Muhyiddin Zain, Rektor, tahun 1968-1973.
3.Prof. H. Abdurrahman Syihab, Rektor, tahun 1973 -1979.
4.Drs. H. A. Moerad Oesman, Rektor, tahun 1979 -1985.
5.Dra. Hj. A. Rasdiyanah, Rektor, tahun 1985 -1994.
6.Drs. H. M. Shaleh A. Putuhena, Rektor, tahun 1994 -1998.
7.Prof. DR. H. Abd. Muin Salim, Rektor, 1998 -2002.
8.Prof. DR. H. Azhar Arsyad, MA, Rektor, 2002 - 2011.
9.Prof. Dr. H. A. Qadir Gasing HT.,M.S, Rektor, 2011 sampai sekarang.